Qu’attend l'Église protestante unie de France de l'œcuménisme ? A cette question, la pasteure Emmanuelle Seybolt, sa présidente actuelle répondait, dans un article du journal le Monde à l'occasion de sa nomination : « Le travail œcuménique avec les autres Eglises chrétiennes doit s’adapter à la société telle qu’elle est. Le christianisme en France est maintenant minoritaire, on ne peut pas faire comme s’ils étaient restés majoritaires, affirme-t-elle. La manière de travailler avec les autres chrétiens doit donc changer pour que nous puissions être des témoins audibles. Dans ce contexte, nos petites guerres de clocher deviennent ridicules. On doit regarder l’autre chrétien comme quelqu’un avec qui travailler. Sinon, nous ne sommes plus crédibles. »

Sur Montpellier, l’œcuménisme se vit sous différentes formes : le groupe œcuméni-cité rassemble catholiques, orthodoxes et protestants le Vendredi Saint pour une lecture œcuménique de la Passion soit à la cathédrale, soit au temple rue de Maguelone. De plus, des conférences en alternance au Temple de la rue Maguelone ou à la Villa Maguelone permettent de réfléchir aux évolutions de nos différentes églises dans le monde contemporain. Au mois de janvier, une veillée de prière pour l’unité des chrétiens sont organisées dans l’église œcuménique de Maurin/Lattes que protestants et catholiques se partagent tout au long de l’année. Dans ce même lieu, au printemps, une journée thématique ( par exemple sur l’écologie, sur la laïcité ou la question de la transmission de la foi) permet de débattre, partager un repas et approfondir les liens. Dans le courant de l’année au centre œcuménique de Jacou sont organisés des échanges de chair, un forum sur la démarche Église Verte, un voyage dans les Cévennes à la découverte du Musée du Désert ou du Monastère de la Paix Dieu de Cabanoule. Dans le quartier de la Mosson, depuis plus de 30 ans les deux communautés Saint Paul (catholique) et La Margelle (protestante) vivent une amitié sans faille (visites d'église à église -entrée œcuménique en Avent, pique-nique œcuménique ..), une véritable collaboration ( cycle de conférences tout au long de l'année, repas mensuel du dernier vendredi du mois, participation commune au dialogue inter-religieux) et des partenariats au niveau de l’entraide-diaconie. De plus, au sein de la Fraternité Protestante Evangélique, l’église protestante unie développe des liens avec les différentes églises évangéliques de la Métropole (églises réformées évangéliques, baptistes, adventistes, pentecôtistes, etc.) en organisant par exemple en juin 2019, en partenariat avec Portes Ouvertes, Actions des Chrétiens pour l’abolition de la torture (ACAT) et l’Association pour la défense de la liberté religieuse (AIDLR), une journée sur le thème : Libérez les humains enchainés ! 70 ans des Droits de l’Homme, un engagement plus que jamais urgent. D’autres initiatives oecuméniques se vivent également dans le cadre de la semaine du festival chrétien de cinéma entre les associations Profil et Chrétiens & culture, ou aussi dans le cadre des rencontres mensuelles de l’ACAT .